本專班於88學年度起開辦，前身係教育學系「中等學校教師在職進修學校行政碩士班」，招收中等學校兼任行政職務（校長、主任、組長）之教師進修碩士學位，並自91學年度起改由教育學院統籌辦理。95學年度更名為「學校行政碩士在職專班」，同年度亦增收國民小學兼任行政職務之教師。

本專班課程規劃強調理論與實務並進，課程涵蓋教育政策與改革、教育領導、研究方法及學校行政實務與管理。教育目標為提昇教師之專業素養，充實教育行政之實務技巧，強化學校經營之創新思維，以期培養卓越的學校領導人才。